Как и в сюжете первого Doom, игра сфокусирована на солдате, прибывшем на Марс и назначенном на должность охранника. Но в этот раз id Software наняла профессионального писателя-фантаста Мэтью Костелло (Matthew Costello), чтобы он написал сценарий и помог создать раскадровку для всей игры. id сфокусировала усилия на пересказе истории и создании напряжённого чувства ужаса. События и атмосфера игры пронизаны духом фильмов Джеймса Кэмерона «Чужие» и «Живые мертвецы» Джорджа Ромеро.