Действие игры начинается вскоре после событий Doom. Игрок снова управляет безымянным морпехом из игры, расправившимся с силами ада на Фобосе, Деймосе и Марсе в оригинальной игре. Оказавшись на своей родной Земле, он обнаруживает, что она тоже стала жертвой нашествия монстров.