Игроку придется побывать в шкуре Агента-2 из организации Office of Secret Actions (OSA) по имени Уильям «Би-Джей» Блажкович (в отдельных локализованных версиях — Блазковиц, Блазкович или Блэскоу), который был главным героем Wolfenstein 3D. Он был схвачен и вместе с Агентом-1 отправлен в тюрьму в замке Вольфенштайн, где Агент-1 умирает под пытками. Сумев сбежать и перебив основную массу охраны замка, Блажкович покидает его по канатной дороге и встречается с бойцом группы Сопротивления «Крейсау» Кесслером. Раненный в перестрелке, Кесслер не может последовать за героем, однако даёт ему задание — добыть дневник профессора Земпфа, проводящего под руководством офицера Паранормальной дивизии СС Хельги фон Бюлов раскопки в старом склепе.