Действия игры происходят в южной части Тихого океана. Джек Карвер (протагонист) — бывший спецназовец, ныне владелец небольшой компании, сдающей в аренду лодки в Микронезии. Его нанимает журналистка Валери Константин на остров Кабату. Подплыв к острову на скутере, Валери высаживается на него, а Джек остаётся на яхте. В этот момент с острова по яхте выстреливают из гранатомёта, и она разлетается в щепки. Джек успевает спрыгнуть до взрыва и плывёт под водой на остров, обстреливаемый охранниками, и всплывает внутри давно заброшенного комплекса японских бункеров. Выбравшись, он обнаруживает недружелюбных наёмников, которые устраивают за ним охоту. Джек находит телефон, по которому с ним связывается таинственный помощник и проводит его по острову. Джеку нужно найти Валери, и когда он попадает на разрушенный авианосец, где держали Валери, оказывается, что её уже депортировали. Вскоре, на форте Джек подслушивает разговор Криггера про исследования с мутагеном и сверхлюдей. На пирсе Джек встречает Дойла, который отвозит его на остров, где проводятся исследования, и там должна находиться Валери. Герой оказывается в пещере, где ведутся какие-то секретные разработки и встречает мерзких чудовищ — трайгенов, мутировавших приматов. На верхушке холмов того острова Джек замечает улетающий вертолёт, на который сажают Валери и хватается за перила, но Валери сталкивает Джека и прыгает вместе с ним в открытый океан. Валери оказывается агентом ЦРУ. Она рассказывает ему о том, что выбор его в качестве владельца яхты был вызван спецназовским прошлым, а также о закрытых разработках одного учёного и просит помочь ей взорвать лабораторию с помощью небольшого атомного заряда.